草帽一行人在罗宾和路飞痊愈后,为了寻找船匠伙伴和修理前进梅利号而来到以造船出名的水之七岛,打算利用空岛得到的黄金翻修严重受损的梅丽号,却得知“前进梅利号”因“龙骨”已经严重受损,无法航行到下一座岛。为了保全船员的性命,路飞以船长的立场决定更换一艘新船,为此引发了和乌索普之间的争执。打败乌索普后,路飞默默地向乌索普表示感谢,失去了梅丽号和乌索普的路飞终于忍不住流下泪来。罗宾与乔巴在镇上逛街,因罗宾被CP9胁迫,故而离开草帽一伙。面对罗宾的离开真相,路飞当机立断下令追回罗宾。
路飞一伙来到政府要地“司法岛”,不惜向世界政府宣战,要求罗宾说“我要活下去”。在战斗中,为了保护伙伴,路飞的潜力被激发,开发出了“二档”和“三档”,战胜了布鲁诺,在苦斗的情形下,草帽一行人最终击败了所有“CP9”并成功解放罗宾,其中号称“历史上最强的CP9”罗布·路基也被路飞击败,八百年来传颂的“CP9”不败神话破灭了。路飞一伙人被黄金梅丽号救起,但船只受损更加严重。路飞亲手点火烧毁了梅丽号,就此结束它的使命。在梅丽号的船精灵开口向路飞一伙道谢后,路飞忍不住大哭,对梅丽号说对不起。
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就在草帽海贼团的悬赏令惊动全世界而声名大噪的三天前,在伟大航路的巴拿罗岛上发生了一件大事,原来路飞的哥哥火拳艾斯为了惩罚杀害伙伴的黑胡子蒂奇于是追来这个巴拿罗岛
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透过山治告知乌索普似乎很想回来草帽海贼团这件事后,路飞他们于是抱着一线希望,希望乌索普会回来忏悔重新归队,没想到等到最后乌索普还是没出现,偏偏这时候路飞爷爷卡普中将的军舰来袭
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为了让弗兰奇大哥完成自己真正的梦想,弗兰奇一家的小弟们想到了利用抢泳裤的战术逼他到废船岛,于是弗兰奇就与小弟们及路飞一行人展开了泳裤传递追逐大战。而之后,弗兰奇更是在妮可罗宾的“特殊对待”之下倒了下去
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齐蒙尼和昆贝跟着山治上街购买食材去,但是齐蒙尼却因为肚子饿了,所以她带着山治到可可罗婆婆的朋友烹烹爷爷所开的一家小吃店里去。只不过,山治在这里只看到一个醉醺醺的糟老头,还有一边抱怨难吃一边离开的船员。
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索隆被曾经帮他带过路的两个小鬼给缠上了,他们俩硬要拜索隆为大哥,一路上还死跟着索隆,就在索隆怎么也摆脱不了他们忍不住出手时,这两个小鬼的妈妈竟然意外现身并和索隆打了起来
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原本悠悠哉哉在吃水水糖的路飞和乔巴,不仅是被众人给认出包围了起来,之后甚至有个女孩突然拿出所有的财产,拜托路飞帮她寻找在水之诸神过后失踪的老布鲁“蓝鳍”,路飞表示自己不会放过眼前的财宝而答应要帮她
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路飞的爷爷海军中将卡普带来了路飞昔日刚出航认识的克比及贝鲁梅伯,如今他们皆在敌对阵营的海军之中,就在路飞与他们叙旧之时,克比也因为信任路飞而将海军的秘密意外的道出,并诉说着伟大航路中的那个“新世界”
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这次来到水之都的竟是海军里的海军英雄中将卡普,正当大伙儿惊吓之余,更让众人跌破眼镜的是,这位海军中将卡普竟然是路飞的爷爷,让人闻风丧胆的他竟然和路飞一样有点无厘头
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黄金梅丽号撑着残破的船身,赌着最后一口气救了路飞一行人,让他们都能平安的被救回水之都。但是,失去梅丽号的他们却十分的沮丧,没想到,之后弗兰奇竟说他要利用宝树“亚当”造船给他们继续之后的航行
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在司法岛危急之际救了路飞一行人的梅丽,其实它早就因为被水之诸神打中而损坏了,但是梅丽的“想要再一次航行”的话,打中了冰山的心,于是他再次的紧急修复了梅丽,给了梅丽最后一次航行的机会。
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虽然路飞在大家的鼓励下奋力击倒了路奇,但是他却也因为力量用尽而无法动弹了。眼看着海军已经下达炮击命令要把路飞炸死,不过,就在大家呼唤路飞的声音当中,乌索普隐约听到了一个熟悉的声音,那是梅丽。
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被可可罗婆婆救起的山治等人,终于和弗兰奇及罗宾会合,现在只剩下还在和路奇奋战的路飞,不过海军也已经包围了他们所有人,并且派出了由上校和中校所组成的200名精锐部队对索隆他们发动攻击
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原本都沉入水中的山治一行人,幸好有真的是人鱼种族的可可罗婆婆所救,全员顺利的上了弗兰奇和罗宾抢来的逃脱船。但是,司法岛踌躇之桥之外的其他区域都已经被炮击给吞噬了
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由于路飞与路奇对战时启动了三档,所以因此缩小后的他必须要躲起来等身体恢复成原状,但是却被路奇给发现了。正当路飞危机之刻,山治等人也因为通道灌入海水面临到将溺毙的命运
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即使路飞启动了三档与路奇对战,但是却仍然分不出高下,双方都陷入胶着状态。另外,位在军舰上的中将,则是在炮击中,将号称是CP9史上最强而且是最冷酷的谍报员罗布·路奇的过去缓缓诉出。
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在千钧一发之际,拿着钥匙的弗兰奇第一个赶到,并且用5号钥匙替罗宾解开了海楼石手铐,山治和索隆也分别赶到,更重要的是狙击王站在司法之塔上射击救了罗宾,不过路飞还和路奇陷入苦战之中
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在最后即将踏进正义之门时,斯潘达姆提起了当初原本海军本部中将哈古瓦尔·D·萨乌罗的叛乱还有罗宾的母亲奥尔维亚的事,以及在奥哈拉发动屠魔令都是他的父亲斯潘达因做的,而今天罗宾也将死在斯潘达姆的手上
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索隆与卡库在经历过一番激战之后,最后索隆变身为鬼神以阿修罗之道战胜了卡库,并且顺利代替卡雷拉公司的工头巴里传达一句话,卡库他们这些叛徒都被开除了;另一方面妮可·罗宾已经被带到正义之门前