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古兰特的脑海中浮现出前海军大将青稚的身影。另一方面，路飞则因海军拼死抵抗而陷入苦战。古兰特再一次挡在他的面前，就在这个时候，海贼与海兵，两人赌上各自坚强意志的决斗即将就要开打
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路飞等人来到一座无处可逃的远海孤岛。他们在海军的重重包围下被逼入绝境。对价值五亿的男人路飞燃起斗志的古兰特、伯纳姆、泽帕三人纷纷使出必杀绝招，掀起一场和草帽小子一行人的大混战
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空腹的路飞等人决定放手一搏，展开寻找粮食大作战。他们的目标是高手云集的海军最前线基地。一群肩负海军下个世代重任的年轻将校，和草帽小子一行人之间的激烈战斗即将揭开序幕
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路飞和巴托洛米奥因为银色海贼联盟的首领毕鲁而有了生命危险。下一个刺客佩塞塔现身挡在欲前往地面上的路飞他们面前。就在熔融果实的秘密武器准备将地下坑道焚烧殆尽的时候，索隆他们终于抵达岛上了。
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路飞和罗因为宠物果实的能力而被布里德给抓住了，两人虽然试着反击，但是却反而陷入布里德设下的巧妙陷阱，最后被迫赌上自己的性命和对方作战，他们两人的激战将会掀起具有冲击性的高潮。
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向德雷斯罗萨勇往直前的草帽海贼团一行人遭到神秘敌人的突袭，让凯撒被对方劫走。但是，为了夺回凯撒而展开追踪的路飞与罗却遇到出乎意料的强敌，并且因而陷入了苦战，就在这个时候，一场令人惊讶的重逢正等着他们。
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成功救出丽丽的父亲潘兹·弗莱，路飞等人正准备开心的享受天堂料理，没想到就在这时，之前才好不容易摆脱的神秘军团又再次来袭。由于新海军的突袭攻击，草帽海贼团一行人和修佐的决斗开始了。
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美食的俘虏和海贼王的合作篇，这是第二次合作了。说的是乔巴得了一种叫深海热的病，要集齐春夏秋冬四季中的四种食材，并将其做成食物才能够救乔巴的命，阿虏和路飞一伙人一起克服困难取得成功。
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路飞和小丑巴基继续在地下2楼大闹，碰上了Mr.3之后，更是变本加厉。小丑巴基和Mr.3眼看情况持续恶化，决定把路飞当成诱饵，引开看守楼梯的怪物，两人趁隙逃跑，却反而被拖下水，往下掉到地下3楼
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路飞等人因为吃光了万里阳光号上的食物而努力钓鱼，突然出现了一只巨大的独角仙。看到独角仙会飞又会喷火，兴奋的路飞和要救路飞的同伴们便追了上去，跟着独角仙来到了一座小岛「小东海」。
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恐怖商会为了夺取能够实现任何愿望的神宝，在比赛前一天将所有参赛者们的神轿破坏掉了，而路飞捕头不愿就这样认输，大家合力将神轿修好，并照样参加抬神轿比赛！
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最近正为了抬神轿比赛而变得热闹的日本，因为赢得比赛的人能够对伟大神社的神宝许任何愿望，路飞捕头等人决定参加并要赢得比赛，但却出现一群恐怖商会，劝大家最好放弃比赛，并四处破坏参赛者们的神轿
海贼王TV原创篇是指在动画版有而在原著漫画中没有的剧情