草帽一行人在罗宾和路飞痊愈后,为了寻找船匠伙伴和修理前进梅利号而来到以造船出名的水之七岛,打算利用空岛得到的黄金翻修严重受损的梅丽号,却得知“前进梅利号”因“龙骨”已经严重受损,无法航行到下一座岛。为了保全船员的性命,路飞以船长的立场决定更换一艘新船,为此引发了和乌索普之间的争执。打败乌索普后,路飞默默地向乌索普表示感谢,失去了梅丽号和乌索普的路飞终于忍不住流下泪来。罗宾与乔巴在镇上逛街,因罗宾被CP9胁迫,故而离开草帽一伙。面对罗宾的离开真相,路飞当机立断下令追回罗宾。
路飞一伙来到政府要地“司法岛”,不惜向世界政府宣战,要求罗宾说“我要活下去”。在战斗中,为了保护伙伴,路飞的潜力被激发,开发出了“二档”和“三档”,战胜了布鲁诺,在苦斗的情形下,草帽一行人最终击败了所有“CP9”并成功解放罗宾,其中号称“历史上最强的CP9”罗布·路基也被路飞击败,八百年来传颂的“CP9”不败神话破灭了。路飞一伙人被黄金梅丽号救起,但船只受损更加严重。路飞亲手点火烧毁了梅丽号,就此结束它的使命。在梅丽号的船精灵开口向路飞一伙道谢后,路飞忍不住大哭,对梅丽号说对不起。
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CP9在推测出设计图在汤姆的另一个徒弟——弗兰奇的手中之后,准备再展开行动,而他们竟然还在去找弗兰奇之前还把卡雷拉公司烧了湮灭证据,想把这一切嫁祸给路飞他们
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路飞好不容易找到了罗宾,娜美他们也在同时来到了冰山的寝室,不过他们却也都看到了残酷的事实,不只是妮可·罗宾背叛了路飞他们。路奇、卡库、卡莉法、布鲁诺原来都是潜伏在卡雷拉公司的特务人员
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拿到假设计图的路奇等人,急忙要大家停止行动一起到冰山的寝室集合,因为他们要逼问他真正的设计图在哪里,感受到被最亲的部下背叛的冰山心情已经十分沮丧,路奇又利用特殊的测谎手法证实自己的推测没有错
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在路飞闯进卡雷拉公司抓罗宾的同时,CP9也开始行动了,路奇和卡库盯上了去帮冰山取重要之物的巴里,没想到结果是冰山技高一筹,另外冰山还是和罗宾再度见面了
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在路飞他们准备闯入卡雷拉公司时,CP9也准备在今天晚上行动。CP9的功力果然高深莫测,不但有能够随意在墙壁开门的门门果实能力者,还有两个人埋伏好要抢走,巴里在冰山的命令下拿到的东西
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在卡雷拉公司的船匠们密集的追捕下,路飞他们好不容易才逃走,不过就在这时候弗兰奇准备抓落单的乌索普引路飞他们出现,由于乔巴传回罗宾决心和他们愤慨,并且坦承是她暗杀冰山没错,路飞决定要找罗宾问清楚真相
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路飞好不容易潜入卡雷拉公司见到了冰山,但是他却说他的确亲眼看见妮可·罗宾,而且她就是凶手之一。他接着也提出希望路飞能让他再和妮可·罗宾见一面的要求,不过由于路飞也不知道罗宾在哪里而无法答应
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正当弗兰奇、路飞激烈厮杀的时候,卡雷拉公司里最强的工头中途杀出,说要替冰山先生讨回公道。因为袭击冰山的竟然是妮可·罗宾,是草帽海贼团的一员,对他们而言路飞更是头号敌人。
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路飞和娜美好不容易到一号船坞,却根本进不去。不料就在此时弗兰奇一家的弗兰奇因为自己的家被路飞破坏、小弟被打伤一事,也来找路飞算账,两个仇家相见份外眼红开始大打出手。
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路飞他们把梅丽号留给乌索普后就离开了,一行人住到镇上的旅馆,没想到却在这时候听到冰山巿长被袭击,被人发现时倒在血泊中一直昏迷不醒,路飞与娜美急忙要赶去看冰山却无法进入一号船坞内
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由于路飞决定换掉梅丽号,乌索普在绝望后向路飞挑战,表示要与路飞决斗一场抢回梅丽号。路飞也不得不接受他的挑战,于是原本曾经共同乘风破浪出生入死的两个伙伴,都发挥自己最大的力量攻击自己最熟悉的“对手”
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身受重伤的乌索普好不容易醒过来,不料一清醒就听到路飞要换船的决定。激动的他不断地用言辞逼路飞,让路飞说出了不相信他这个船长做的决定就下船的气话,乌索普也表示草帽海贼团的确不需要他这么弱的伙伴
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路飞与娜美从卡库那听到梅丽号因为船最重要的龙骨已损伤过大不可能修好的消息而大受打击。不过更让他们震惊的是,乌索普和他手上的两亿贝里竟然又不见了,路飞不管三七二十一就冲出去找乌索普
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乌索普所保管的钱被弗兰奇一家的人给偷走了,但是幸好有冰山底下的船工巴里搅局,把那些人的布鲁抢了过来,原本巴里也想吞掉那笔钱,但是幸亏路奇又把巴里想吞掉的钱要回来,才让路飞他们失而复得
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路飞三人终于找到了兑换所,并且在娜美的精打细算下换到了三亿贝里。他们很快地就带着钱到船厂找冰山先生,不过他们先遇到了船工工头卡库,没想到他也是个奇人能够飞天遁地的冲向梅丽号先检查船的状况
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路飞他们在可可罗婆婆的指引下来到水之都,并且要他们去找一个叫冰山的人。急着上岛探险的路飞、乌索普,在娜美的同行要前往兑换所及造船厂,罗宾与乔巴随后也跟着上岛走走看看
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路飞他们在差点撞到海上列车后,到达一个车站,在这里他们遇到了一个叫做齐蒙尼的女孩,以及她的奶奶可可罗婆婆,在她们的指引下路飞他们决定前往水之都的造船厂,修理破损不堪的黄金梅丽号
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青雉一出手果然不同凡向,一下子就冰冻住罗宾,幸好路飞他们及时救出罗宾,没有被青雉粉碎掉,而且路飞还提出与青雉一对一决斗的挑战,让乔巴他们把整个冰冻起来的罗宾带回船上治疗
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路飞他们在一座无人岛上遇到了一个神秘人物,不可思议的是一向冷静自若的罗宾看到他之后,竟然不自主的发抖,原来这个男人就是人称世界政府最强三大战斗力的其中一人大将青雉