草帽一行人在罗宾和路飞痊愈后,为了寻找船匠伙伴和修理前进梅利号而来到以造船出名的水之七岛,打算利用空岛得到的黄金翻修严重受损的梅丽号,却得知“前进梅利号”因“龙骨”已经严重受损,无法航行到下一座岛。为了保全船员的性命,路飞以船长的立场决定更换一艘新船,为此引发了和乌索普之间的争执。打败乌索普后,路飞默默地向乌索普表示感谢,失去了梅丽号和乌索普的路飞终于忍不住流下泪来。罗宾与乔巴在镇上逛街,因罗宾被CP9胁迫,故而离开草帽一伙。面对罗宾的离开真相,路飞当机立断下令追回罗宾。
路飞一伙来到政府要地“司法岛”,不惜向世界政府宣战,要求罗宾说“我要活下去”。在战斗中,为了保护伙伴,路飞的潜力被激发,开发出了“二档”和“三档”,战胜了布鲁诺,在苦斗的情形下,草帽一行人最终击败了所有“CP9”并成功解放罗宾,其中号称“历史上最强的CP9”罗布·路基也被路飞击败,八百年来传颂的“CP9”不败神话破灭了。路飞一伙人被黄金梅丽号救起,但船只受损更加严重。路飞亲手点火烧毁了梅丽号,就此结束它的使命。在梅丽号的船精灵开口向路飞一伙道谢后,路飞忍不住大哭,对梅丽号说对不起。
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山治总算解决掉加布拉拿到了一号钥匙,他也随即按照齐蒙尼画的指标往正义之门方向前进。而弗兰奇则是顺利找到了正在和路奇决斗的路飞,看到路飞陷入苦战的弗兰奇本来要助路飞一臂之力
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就在加布拉要对狙击王攻击的危急之刻,山治及时赶到要狙击王赶紧离开,想办法去救妮可·罗宾,而他会留下和加布拉展开对决。由于加布拉不仅是六式高手,更何况他还有招式“铁块”可防御
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由于状况紧急,于是就在娜美的意见下,弗兰奇对乔巴攻击把他打入海里。这么一来,总算让乔巴恢复了原形,然后弗兰奇也在齐蒙尼的指引下赶去正义之门。另外,娜美好不容易拿到2号钥匙让索隆和狙击王终于能分开了
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娜美用四个分身加上一个本尊来对付卡莉法,最后终于用天候棒“雷云电光枪”击倒了卡莉法。不过突然出现在她面前的竟然是变得十分庞大,并且呈现失控状态的乔巴。紧接着弗兰奇也出现了
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由于斯潘达姆误按发动屠魔令的黄金电话虫,让原本陷入苦战的娜美,及索隆他们的战况更加的紧张,但是还好的是,原本在卡莉法的泡沬攻势下无法动弹的娜美,也在卡莉法逐渐显露的弱点中想到了对策
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乔巴违背了承诺吃下了第三颗蓝波球,虽然他顺利击败了CP9的偎取,但是他却也变成了谁都无法控制的怪兽,弗兰奇亲眼看到这样的情景也惊讶不已,另外,娜美则是与卡莉法展开了对决
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原本CP9之一的偎取被乔巴关在超大冰箱里,不料他竟然吃完了冰箱里面许多东西,把冰箱门撞开跑出来。在这情况之下,乔巴不得已只好与其展开决斗
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由于山治不违背自己的骑士道,被卡莉法的能力变得全身光滑,几乎没有摩擦力,只好换成娜美与卡莉法对战。就在同时,路飞在齐蒙尼的指引下找到了前往正义之门的入口,不过路奇早就发现他们
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原本对付卡库和加布拉就已经够棘手了,没想到索隆和狙击王竟在一次撞击之后,被手铐给铐在一起无法动弹,这时乔巴刚好赶到这里,得知他们的困境后,于是赶着去找其他人想拿到2号钥匙
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路飞他们与弗兰奇一家终于都冲到了审判所前,只要再放下吊桥就能救回妮可·罗宾和弗兰奇,不料就在这时候吊桥遭到轰炸停止放下了。草帽海贼团伙伴之间的信任,让弗兰奇做了惊人举动
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还记得当索隆与路飞成为伙伴的那个时候,两人联手对付海军上校,斧手蒙卡。还有路飞与乌索普相遇时的情况,乌索普决定要离开村子成为海贼,并许下在下次他回到村子时,能说出比吹牛还要更不可思议的冒险故事
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为了救罗宾路飞他们必须朝瀑布跳下去,这一幕让路飞想起他小时候的事。当时他遇到了海贼香克斯,路飞想跟随着香克斯当海贼,但是年纪还小的他当然是不可能的,不过路飞却因此而立志要成为海贼
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在斯潘达因与五老星通过电话后,五老星从克洛巴那里听到更多惊人的发现,更加确定要发动屠魔令,而好不容易母女重逢的奥尔维亚和罗宾,却因为奥尔维亚想保护女儿不敢相认
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原来妮可·罗宾是在奥哈拉寄人篱下的孤女,幸好岛上有个巨大之树图书树,里面的学者们是妮可·罗宾心灵寄托的对象,后来她又在无意间帮了被冲到奥哈拉海边的巨人萨乌罗,与他成为好朋友
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路飞他们终于来到妮可·罗宾的面前,然而斯潘达姆不但派出CP9,并且准许他们为执行任务杀人,更威胁妮可·罗宾要发动「屠魔令」。这让妮可·罗宾很恐慌,因为她又回想起当年在奥哈拉的过去
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眼看着路飞他们就要攻进来,斯潘达姆原本打算先把妮可·罗宾和弗兰奇送上押送船,幸好弗兰奇急中生智救了自己和罗宾,并且总算看到了路飞。但是心中始终有很大阴影的罗宾,看到他不但没有喜悦,甚至表示自己一心想死
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在弗兰奇一家的掩护下,娜美、乔巴、山治以及索隆他们也一路冲进审判所。准备冲上顶楼找路飞。另一方面,狙击王也就是乌索普,发现卡西及欧伊摩是被欺骗而看守司法岛的,他说服他们助阵之后也杀了过来。